首先，令人遺憾的是，「統獨」論議爭議再次浮現於海域基本立法工作之中。一般而言，領海是國家主權所及之海域，亦是國家管轄權最敏感、管轄強度最大的海域，因此，沿海國家多先行對領海進行主張及立法，然後在擴及二百海浬專屬經濟區等其他海域，我們立法院卻因為統獨之間的爭議，而造成專屬經濟海域及大陸礁層法草案先於領海及鄰接區法草案獲得三讀通過，如非經國民黨籍立委強力動員表決通過領海法草案，則幾乎造成專屬經濟海域及大陸礁層憑以測算之基礎的「領海基線」及「領海」成為沒有定義的名詞。

再者，統獨爭議亦造成領海及鄰接區法中將六個草案版本中的四個版本均主張的「歷史性水域」遭到刪除，使得我國自一九四六年以來一直主張的南海歷史海域成為無國內立法可依的主張，國民教育中一再陳述的我國最南疆界為南沙之曾母暗沙的理念亦將成為「虛無」。此一變化，不可謂不深遠。

此外，筆者一再主張採「單一整合性海域海域立法」，除可使此二海域立法中有關基線、執法等條款文字不須重複出現外，亦可藉不明文主張大陸礁層而避過我國目前並無海洋科學調查研究能力來決定大陸礁層外部界線的困窘（因為依一九八二年聯合國海洋法公約第七十七條之規定，沿海國對大陸礁層之權利並不取決於有效或象徵的佔領或任何明文公告）；同時，又可藉單一整合但分章的立法方式，建構一個明確、簡單、統一的海域基本大法，使得國人及外國人均易於了解我國在海域上的主張與管轄的內容。但是，令人遺憾的是，此一學術主張及其所呈現的立法草案未能獲得海洋法的立法支持。

海域基本立法完成之後，我政府立即將面臨的課題有三：一、下游相關 之各種各類涉及規範人類海洋活動與國家管轄行使之海域功能性法規的訂定，譬如「外籍船舶無害通過中華民國領海管理條例」、「海洋環境保護法」、「海洋科學研究許可及管理條例」等，以及現行不合時宜法規條文的修正，譬如「漁業法」、「海關緝私條例」等。這些工作幾乎涉及現行中央各部會的職掌。二、中央機關職掌的重新劃分，甚至海洋事務專責機關的設置，均必須予以嚴肅考慮與研究。此外，中央與地方政府在海域中行政職權之劃分，亦必須加以正視。三、海域執法機關職掌與能力的擴充已是刻不容緩之事。如何建設一個具充分職能的海域執法機關，以使我國海域立法的尊嚴能在至少二百海浬範圍的海域中值得高層決策者重視。